Имеется в виду обновление модулей пользователями ИЗ маркета?

Если так, то режим установки "Перезапись... " не поможет в этом случае? Или можно удалить модуль через менеджер модулей, после чего установить его заново.

Это все, конечно, не обновление, но все же лучше чем удаление по ftp и редактирование php.

Хочу вновь поднять данную идею. На мой взгляд вопрос актуален с точки зрения скорости отображения страницы - системные JS, например, подключаются в head и блокируют загрузку страницы, а размер у них вполне ощутимый.

При этом может быть переопределена или не использоваться достаточно существенная часть скриптов.

На реальном примере проекта в данный момент - подвиды, фильтр, медиабокс, скроллер, слайдер, тултип, все или почти все ami.ui. - и все это достаточно объемные скрипты, кроме которых еще ряд файлов могут быть заменены. В сумме это получается около половины всего объема JS, а не 5-10%.

Имея подобный механизм, можно заменять фалы пустыми в своей папке (или как-то по-другому исключать их) и заметно сократить размер результирующего файла. При этом аналогичный функционал может добавляться скриптами, подключаемыми внизу страницы и не блокирующими ее загрузку.

Дополнительно было бы очень удобно иметь возможность добавлять и свои фалы в общую сборку при необходимости.

Так же очень хотелось бы иметь возможность сжатия (минификации) JS при сборке.

Учитывая, что сейчас эти файлы собираются один раз и кешируются, все это не повлияет на производительность и скорость формирования страницы.

Для CSS было бы актуально скорее не заменять системные файлы, а добавлять свои в сборку и в них переносить стили, что позволит, например, распределять их по модулям и/или даже блокам и добавит удобства разработке.

Пример:
я оформил два заказа - один себе, другой товарищу. При этом часть позиций в заказах повторяется. Мне пришло два уведомления с номерами заказов и их составом. Один я буду оплачивать электронными деньгами, указав номер заказа в примечании к платежу, второе переслал товарищу, чтобы он оплатил. Нам удобнее, чтобы оба заказа доставили на мой адрес.
Что при этом произошло у Вас в магазине? Мои заказы уже объединены? Дублирующиеся позиции уже удалены и суммы уже изменились? Заказа с тем номером, который я указал при оплате уже нет? 
Мой вопрос, как покупателя - а с какой стати такая вольность с моими заказами? Почему заведомо считается, что администратор магазина лучше знает сколько заказов мне нужно и тем более какие позиции там являются "повторами" и их нужно УДАЛИТЬ?
А если при всем при этом я юр. лицо с гораздо более жесткими требованиями к документообороту? 
Да, кстати, а стоимость доставки то учтена и включена в итоговую в обоих заказах?
Если подумать над этим функционалом более обстоятельно. то вопросов будет значительно больше.

P.S. А вот иметь функционал объединения и редактирования заказов клиентами на публичной части сайта - вот это было бы действительно здорово, удобно и полезно.

Плюсую. И так же хотелось бы добавить:

возможность объединения заказов (с возможностью пересчета стоимости доставки), перенос позиций из одного заказа в другой.

Как пример, очень нравится реализация работы с заказами здесь: e2e4online.ru